Lill-Saimen är ett isolerat vattenområde med lågt flöde och hög belastning förorsakad av jordbruk och skogsskötsel. I västra delen av Lill-Saimen hade man en stark algblomning vintern 2008 – 2009. Blomningen startade på hösten och fortsatte hela vintern till april. Den giftiga blomningen var stark även under snöbelagd is, som förvånade experter och skrämde de lokala invånarna. Man tog ett beslut att vidta kraftiga åtgärder omedelbart för att förbättra vattenkvaliteten i Lill-Saimen.
Olika restaureringsåtgärder planerades. De innehöll bland annat nya oaser i alla viktiga dikesmynningar och en ny pumpstation som skulle pumpa vatten från de östra vattenområden av Lill-Saimen där vattenkvaliteten är god till de västra områdena med dålig vattenkvalitet.
