Biofilter fungerar bra för att rena höga luftflöden som innehåller låga halter av biologiskt lättnedbrytbara ämnen. Denna teknik är mindre lämpad för luft som varierar kraftigt i flöde och sammansättning. Orsaken är att mikroorganismerna i filtret har svårt att anpassa sig till snabba förändringar. Höga halter av ammoniak, flyktiga organiska ämnen (VOC) och svavelväte kan orsaka dålig funktion för biofilter.
Biofilter är den äldsta, mest välkända och vanligaste tekniken för att minska lukt från anläggningar som behandlar avloppsvatten och slam. Ett biofilter består av en behållare med en för luft genomsläpplig botten och ett filtermaterial. På ytorna i filtermaterialet bildas ett skikt av mikroorganismer som kan bryta ned vissa typer av illaluktande ämnen.
